installa i pacchetti bioconductors (richiede R)

Questi comandi vanno copiati nella console di R avviabile digitando “sudo R” (la R deve essere MAIUSCOLA!)

NON COPIARLI DIRETTAMENTE NEL TERMINALE O NON FUNZIONERANNO!

installa la base di bioconductors:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

I pacchetti aggiuntivi sono divisi in gruppi che possono essere installati anche singolarmente:

pacchetti per pc che non hanno la banda larga

biocLite(groupName="lite")

pacchetti utili nello studio dell’afflussometria degli array di espressione

biocLite(groupName="affy")

pacchetti per la rappresentazione grafica di algoritmi

biocLite(groupName="graph")

pacchetti da usare col libro del link sotto:

http://www.bioconductor.org/pub/docs/mogr/

biocLite(groupName="monograph")

pacchetti da usare con quest’altro libro:

http://www.crcpress.com/shopping_cart/products/product_detail.asp?sku=C6367

biocLite(groupName="RBioinf")

installa tutti i pacchetti

biocLite(groupName="all")

Per aggiornare i pacchetti installati dare questi comandi:

questi per scoprire i pacchetti da aggionare:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
old.packages(repos=biocinstallRepos())

questi invece per eseguire l’aggiornamento:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)